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BiodiversityInformation

筆記一點關於古生物的Darwin Core詞彙

目前Darwin Core已儼然成為生物多樣性開放資料共同標準，針對古生物標本也有一些相關詞彙可用，跟現生生物標本資料最大不同的是必填欄位basisOfRecord要用FossilSpecimen。(非PreservedSpecimen或LivingSpecimen)。

Geological Context

Geological Context這個Class應該就定義了大多數地層資訊用到的詞彙，列舉常用的如下：

地層學 (Stratigraphy)可以細分成可以細分岩石地層學 (Lithostratigraphy)、生物地層學 (Biostratigraphy)、年代地層學 (Chronostratigraphy)...

年代地層學（Chronostratigraphy）

層級 Earliest 詞彙 Latest 詞彙 範例
Eon / Eonothem earliestEonOrLowestEonothem latestEonOrHighestEonothem Phanerozoic
Era / Erathem earliestEraOrLowestErathem latestEraOrHighestErathem Cenozoic
Period / System earliestPeriodOrLowestSystem latestPeriodOrHighestSystem Neogene
Epoch / Series earliestEpochOrLowestSeries latestEpochOrHighestSeries Holocene
Age / Stage earliestAgeOrLowestStage latestAgeOrHighestStage Atlantic, Boreal

Note

國際地層委員會ICS會一直更新這個年代地層表

岩石地層學（Lithostratigraphy）

層級 詞彙
群 group
層（組） formation
段 member
小層 Bed

生物地層學 (Biostratigraphy)

Earliest 詞彙 Latest 詞彙 範例
lowestBiostratigraphicZone highestBiostratigraphicZone Maastrichtian

但原始資料遇到"晚中新世" (Late Miocene) 這種資料要如何處理？

問了一輪Digital TaiBIFer (TaiBIF開發，架構在ChatGPT上專注於生物多樣性開放資料的AI問答小幫手)，得到的答案整理如下：

Late/Early/Middle加上地層單元名稱很常使用，但不是正式單元名稱，原始資料的"晚中新世"可以用以下表示：

terms value
earliestAgeOrLowestStage Tortonian
latestAgeOrHighestStage Messinian

我的理解：晚中新世下有6個Age/Stage，剛好3等分(Early/Late/Middle)後，最"Late"的2個是Tortonian跟Messinian => 但身為一個中間處理資料的角色，我認為不應該任意解讀原始資料的轉換，所以決定保留"Miocene"，再想辦法處理"Late"這個字。因為早/中/晚一個想要表達精準一點但又沒那麼精準的定義，而且也不是每個單元名稱都可以3等分，有些除了早/中/晚也會用地層的上/下表示，這些用詞雖然模糊，但也保留了彈性，應該要被留下來，所以控制詞彙用以下處理：

terms value
earliestEpochOrLowestSeries Miocene
latestEpochOrHighestSeries Miocene

ChatGPT叫我把"Late"放到geologicalContextRemarks或verbatimGeologicalContext紀錄裡，聽起來很合理，但目前(2026-03-06)標準並沒有這個詞彙（ChatGPT腦補?） 我目前也還沒想到放那邊比較適合，另外可以放的地方是occurrenceRemarks跟dynamicProperties (萬用自訂欄位)，但也怕會埋藏在雜亂的訊息中不容易被連結到，我先放個 TODO 在這邊，等那天智慧比較開了再來補充。

另外有一個看起來有關聯的 Chronometric Age Extension

Chronometric Age Extension，如果資料有特別做"年代測定"的方法、可以用精準一點的數值表示的話，就適合加上這個Extension。這邊我就懶的整理直接照抄AI給的答案跟TDWG網頁的內容。

The Chronometric Age (Chrono) terms are specifically for numerical ages (e.g., 10,000 years BP) or the specific process of dating a material. A "Formation" is a spatial/geological unit, which Darwin Core handles in its GeologicalContext class.

terms value
chrono:verbatimChronometricAge 76.6 to 74.5 Ma
chrono:chronometricAgeProtocol Ar-Ar dating of volcanic ash

比較跟DarwinCore的Geological Context不同

Feature Geological Context (DwC) Chronometric Age (Chrono)
Data Type Descriptive names (Strings) Numbers & Units (Floats/Integers)
Primary Goal Classification Measurement
Example Value "Late Miocene" "11.6 to 5.33 Ma"
Method Info Usually implied or omitted Explicit (e.g., "AMS Radiocarbon")
Uncertainty Hard to quantify (Vague) Precise (e.g., "± 50 years")
Best For General collection management Research-grade geochronology

Use Chrono only if you start adding columns like "Date Method," "Lab Number," or "Error Margin."

另外還有一個頭更大的學名處理

除了舊學名這個老問題，古生物還會遇到：已滅絕物種、分類不確定等、這個我暫時也是先放個 TODO 在這邊，有空再回來。

參考資料

地層名稱相關