Skip to content

BiodiversityInformation

TBIA 生物多樣性領域資料標準跟 Darwin Core 不同的地方

臺灣生物多樣性資訊聯盟(Taiwan Biodiversity Information Alliance, TBIA)，推出了TBIA 生物多樣性領域資料標準，也上架到資料標準列表 - 政府資料標準平臺 schema.gov.tw，我大概知道其中很多欄位定義是取用於Darwin Core (DwC, 目前全世界流通的生物多樣性資料標準)，但還是有少數不同的地方，很好奇的就請AI比較一下。

但我用自己的方法去理解: DarwinCore terms是Buffet裡提供所有食材(詞彙標準)，想吃什麼就自己去拿裝滿一盤就是那次要發布的資料集。而領域資料標準是單點的串燒(交換規範)，用台灣物種名錄 TaiCOL把所有資料串在一起，這個單點的串燒，有一些規定要遵守，例如︰一定會有青椒(必填欄位)，其他如果有串培根肉的話就一定要捲金針菇(條件必填)，可以選擇熟度(敏感資料層級)，也有一些食材沒提供但單點串燒才有的豬血糕(selfProduced, {taxonRank}Chinese)，國內政府單位要點菜或出菜的話，不管是那一家餐廳，菜單都會有客製化串燒，不會有太多驚喜，但也不容易走味。

我也不知道我在說什麼了，以下讓AI來說明... TBIA代表領域資料標準，DwC代表TDWG的Darwin Core (我懶的修改，先直接丟上來，可能會有錯)。

=== 我是害羞的分隔線 (灬ºωº灬) : 以下是AI產生 =====

1. 詞彙標準 vs 交換規範

DwC 提供的是一組欄位（term），像 occurrenceID、eventDate、scientificName、decimalLatitude，但很少規定哪些必填、型別限制或控制詞彙。

TBIA 補上了這些規則：

  • 欄位必要性：必填 (M)、條件必填 (C)、選填 (O)
  • 控制詞彙表、資料格式要求
  • 空值規範（文字補 NA、數值補 -99999）

2. 增加台灣在地欄位

DwC 沒有、但 TBIA 加上的欄位例如：

TBIA 欄位 用途
countyCode 台灣行政區代碼
kingdomChinese 等 中文分類階層名稱
selfProduced 是否第一手資料
sensitiveCategory 敏感層級

並引用數位發展部的共通資料標準（經緯度、日期格式、授權欄位等）。

3. 分類名錄綁定 TaiCoL

DwC 在分類欄位不強制綁定特定名錄，可自由對接 GBIF Backbone、Catalog of Life 等。

TBIA 則明文以中研院「臺灣物種名錄 (TaiCoL)」為核心，並保留原始鑑定到標準學名的校正流程：

verbatimIdentification（原始鑑定名稱）
        ↓ 名錄校正
scientificName（標準學名）

4. 敏感資料管理

DwC 只有 informationWithheld、dataGeneralizations 等通用欄位。TBIA 直接定義敏感層級（輕度、重度、縣市、坐標不開放、物種不開放…），並規範坐標模糊化程度，對應台灣的生物敏感資料開放政策。

5. 結合台灣調查情境的延伸模板

TBIA 針對國內政策與常見調查技術發展出主題模板，這是國際 DwC 沒有的行政維度：

  • 生態檢核資料交換（對應公共工程生命週期）
  • 自動相機資料交換（參考 Camtrap DP）
  • 自然史典藏資料交換

怎麼選？

  • 要上傳國際平台（GBIF、OBIS）→ 直接用 Darwin Core
  • 在台灣做生態調查、政府生態檢核、與國內單位介接 → 用 TBIA 資料標準

因為 TBIA 本來就是基於 DwC 發展，未來要轉回 DwC 輸出到國際，欄位銜接也不會有太大障礙。

=== 我是害羞的分隔線 (灬ºωº灬) : 以上是AI產生 =====

筆記一點關於古生物的Darwin Core詞彙

目前Darwin Core已儼然成為生物多樣性開放資料共同標準，針對古生物標本也有一些相關詞彙可用，跟現生生物標本資料最大不同的是必填欄位basisOfRecord要用FossilSpecimen。(非PreservedSpecimen或LivingSpecimen)。

Geological Context

Geological Context這個Class應該就定義了大多數地層資訊用到的詞彙，列舉常用的如下：

地層學 (Stratigraphy)可以細分成可以細分岩石地層學 (Lithostratigraphy)、生物地層學 (Biostratigraphy)、年代地層學 (Chronostratigraphy)...

年代地層學（Chronostratigraphy）

層級 Earliest 詞彙 Latest 詞彙 範例
Eon / Eonothem earliestEonOrLowestEonothem latestEonOrHighestEonothem Phanerozoic
Era / Erathem earliestEraOrLowestErathem latestEraOrHighestErathem Cenozoic
Period / System earliestPeriodOrLowestSystem latestPeriodOrHighestSystem Neogene
Epoch / Series earliestEpochOrLowestSeries latestEpochOrHighestSeries Holocene
Age / Stage earliestAgeOrLowestStage latestAgeOrHighestStage Atlantic, Boreal

Note

國際地層委員會ICS會一直更新這個年代地層表

岩石地層學（Lithostratigraphy）

層級 詞彙
群 group
層（組） formation
段 member
小層 Bed

生物地層學 (Biostratigraphy)

Earliest 詞彙 Latest 詞彙 範例
lowestBiostratigraphicZone highestBiostratigraphicZone Maastrichtian

但原始資料遇到"晚中新世" (Late Miocene) 這種資料要如何處理？

問了一輪Digital TaiBIFer (TaiBIF開發，架構在ChatGPT上專注於生物多樣性開放資料的AI問答小幫手)，得到的答案整理如下：

Late/Early/Middle加上地層單元名稱很常使用，但不是正式單元名稱，原始資料的"晚中新世"可以用以下表示：

terms value
earliestAgeOrLowestStage Tortonian
latestAgeOrHighestStage Messinian

我的理解：晚中新世下有6個Age/Stage，剛好3等分(Early/Late/Middle)後，最"Late"的2個是Tortonian跟Messinian => 但身為一個中間處理資料的角色，我認為不應該任意解讀原始資料的轉換，所以決定保留"Miocene"，再想辦法處理"Late"這個字。因為早/中/晚一個想要表達精準一點但又沒那麼精準的定義，而且也不是每個單元名稱都可以3等分，有些除了早/中/晚也會用地層的上/下表示，這些用詞雖然模糊，但也保留了彈性，應該要被留下來，所以控制詞彙用以下處理：

terms value
earliestEpochOrLowestSeries Miocene
latestEpochOrHighestSeries Miocene

ChatGPT叫我把"Late"放到geologicalContextRemarks或verbatimGeologicalContext紀錄裡，聽起來很合理，但目前(2026-03-06)標準並沒有這個詞彙（ChatGPT腦補?） 我目前也還沒想到放那邊比較適合，另外可以放的地方是occurrenceRemarks跟dynamicProperties (萬用自訂欄位)，但也怕會埋藏在雜亂的訊息中不容易被連結到，我先放個 TODO 在這邊，等那天智慧比較開了再來補充。

另外有一個看起來有關聯的 Chronometric Age Extension

Chronometric Age Extension，如果資料有特別做"年代測定"的方法、可以用精準一點的數值表示的話，就適合加上這個Extension。這邊我就懶的整理直接照抄AI給的答案跟TDWG網頁的內容。

The Chronometric Age (Chrono) terms are specifically for numerical ages (e.g., 10,000 years BP) or the specific process of dating a material. A "Formation" is a spatial/geological unit, which Darwin Core handles in its GeologicalContext class.

terms value
chrono:verbatimChronometricAge 76.6 to 74.5 Ma
chrono:chronometricAgeProtocol Ar-Ar dating of volcanic ash

比較跟DarwinCore的Geological Context不同

Feature Geological Context (DwC) Chronometric Age (Chrono)
Data Type Descriptive names (Strings) Numbers & Units (Floats/Integers)
Primary Goal Classification Measurement
Example Value "Late Miocene" "11.6 to 5.33 Ma"
Method Info Usually implied or omitted Explicit (e.g., "AMS Radiocarbon")
Uncertainty Hard to quantify (Vague) Precise (e.g., "± 50 years")
Best For General collection management Research-grade geochronology

Use Chrono only if you start adding columns like "Date Method," "Lab Number," or "Error Margin."

另外還有一個頭更大的學名處理

除了舊學名這個老問題，古生物還會遇到：已滅絕物種、分類不確定等、這個我暫時也是先放個 TODO 在這邊，有空再回來。

參考資料

地層名稱相關